不気味な歌声を響かせてサニー号へ近づくゴーストシップ。ボロボロの帆に書かれた名前を見たブルックは、この船が呪われた伝説の船「フライング・ダッチマン号」だとつぶやき、数百年前に恐ろしい事件を起こした船だと説明する。そのゴーストシップからの命令で、アンコロは船に攻撃しようとした。クー・ド・バーストで逃げるにも燃料切れですぐ動けない。もはやこれまでかと思ったその時、飛び込んできたクラ―ケンの巨大な脚がアンコロの顔面に命中、休む間もなく複数の脚で連打をあびせてアンコロをのしてしまう。

ルフィ、ゾロ、サンジがサニー号へ戻ってきた。ナミはルフィがクラ―ケンを手なづけたことに呆れるが、ルフィはスルメと名づけたクラ―ケンに船を引かせ、上級者の航海をすると意気込む。こうして無事に全員集合した麦わらの一味だったが、ナミは水温の上昇から海底火山の噴火が近いことを察知する。ゴーストシップが逃げ出すのと同時に、クラ―ケンも本能で危険を感じとり、一目散に逃げ出した。しかし、火山の噴火で流れ出したマグマがすぐ後ろまで接近、ナミは助かるためには海溝へ飛び込むしかないと叫んだ。

ルフィの命令でスルメは海溝へ飛び込む。間もなく火山が噴火、間一髪のところでマグマから逃れたものの、噴火によって土石流が発生していた。飲み込まれてはサニー号といえひとたまりもない。ゾロはシャボンから出て岩を斬ろうとするが、ロビンから今出れば水圧で押しつぶされると止められる。危機迫る中、ウソップの放ったサルガッソ、緑星が土石流を食い止めた。ルフィにほめられて得意になるウソップ。もう安心だと喜ぶみんなだったが、こぼれた落石がスルメの頭を命中。スルメは気絶し、サニー号も墜落してしまう。

修行の成果を見せるべくギア3を発動したルフィ。だが、海中では力が抜け、すぐには武装色の硬化ができない。その間にサンジが魚人のようなスピードで動き、グリルショットを放つ。怒ったクラ―ケンは脚を振り上げてサンジを狙うが、ゾロの六道の辻でバラバラにされる。そして、ようやく体勢が整ったルフィが。象銃でクラ―ケンをKO、服を着たサメが捕まっているのを助けた。すると海流の動きに異変が起こる。ルフィたちは戻ろうとするが間に合わず、下降流に飲み込まれてしまう。あわててサニー号はその後を追った。

激しい流れに翻弄されるサニー号。ナミはフランキーに舵を取らせ、海流の真ん中の位置をキープさせて大陸棚との激突を防いだ。どうにか危機を乗り切ったものの、そのためにルフィたちの姿を完全に見失ってしまう。ルフィたちの身を案じながら、それぞれ分担して四方に目を配り探すが、深海はあまりに広く容易には見つからない。すると今度はクラゲが近づいてきた。思わず近づこうとするチョッパーを、毒があるかもしれないと止めるロビン。その直感は的中して、クラゲを食べようとした魚は毒にやられてしまう。

カリブーの姿が見えなくなっていることに気づいたブルック。船内のどこかに隠れているのかと不安がるみんな。樽の中で様子をうかがっていたカリブーは、ルフィたち3人の代わりにみんなの首を取ることを思いつくが、フランキーに見つかって樽を釘づけにされる。フランキーはカリブーが必死に取り入ろうとするのに構わず、みんなにカリブーが能力者だと指摘した。やがて周囲が暑くなり、前方の視界を煙で阻まれる。ナミは即座にここが海底火山だと気づいて逃れようとするが、後方からチューブワームが追いかけてきた。

カリブーたちの船から奇襲攻撃を受けたサニー号は、その接近を許してしまう。そんなとき、ナミは船を引いている海獣がかつてアーロン一味にいたモームだと気づく。またモームも、ルフィとサンジの姿を見て、ふたりからひどい目に遭わされたことを思い出し、血相を変えて逃げ出した。その間、先陣を切ってサニー号へ乗り移ったカリブーだったが、モームのせいで仲間は誰ひとり乗り込んでいない。フランキーに海へ放り出されそうになったカリブーは、なんとか助かりたい一心でウソをついてその場を切り抜けるのだった。

カリブーたちがモームに船を引かせていたことを知ったルフィは、自分たちも海獣を捕まえると主張し始める。ウソップから進路がそれていると指摘されたナミは、この海底について詳しいことをみんなに説明するが、ルフィたちはまったく理解できない。やがて潮の流れが変わり、下降流のプルームへと到達した。その桁違いの大きさの滝にみんなも圧倒される。船が大丈夫かと心配するナミに、フランキーはサニー号は宝樹アダムで作られているから問題ないと豪語するが、海底の奥深くでは不気味な目がサニー号を捉えていた。

海底に潜むものの正体に気づき、引き返せと叫ぶカリブー。まるで相手にしないウソップだったが、その背後からクラ―ケンが現れた。カリブーは逃げるように言うが、ルフィは聞き入れず、クラ―ケンに船を引かせようと言い出した。チョッパーとウソップは止めさせようとするがルフィは聞く耳を持たない。そのあまりの緊張感のなさに呆れ、我が身を心配するカリブー。そのとき、後方からコリブ―たちの船がやってきた。助かったと喜んだカリブーだったが、コリブ―たちの船はクラ―ケンに一握りで真っ二つにされてしまう。