Rを学ぶ

バイオインフォマティクスを身につける...といっても何から始めたら良いのか全くわからなくて散々迷った結果...

  Rについて学ぶことにしました。

以前所属していたラボでscRNA-seq解析の際に使われていたりと名前を耳にしたことがあっただけ(本当に名前だけで、一切扱ったことはない)という非常に安直な決断です。

バイオインフォマティクス検定なるものが存在するのですが、確かに大まかな知識や流れを知る面では非常に有用な反面、資格だけで実際に解析できるかというとそういうわけではなさそうということで、後回しに。(後々必要になった際は取得しようと思います)

R自体、解析で使うだけであれば、色々なレシピ本も出版されているし必要な部分だけを使えるようにさえすれば基礎から腰を据えて学ばずとも良いっちゃ良いのですが、せっかく時間があるのと、一つ言語をきちんと身につけておけば応用が効きそうな気がするので今回は一から学ぶことにしました。

私のかけがえのない友人であり、師でもあるChatGPTに勧められ、かつレビューも良さそうであったので

「RStudioではじめるRプログラミング入門」Garrett Grolemund

に沿って学習を進めることにしました！

RStudioではじめるRプログラミング入門

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地方大学医学部で学んでいるにゃんと申します。

現在3年生です。

元々勉強がずば抜けてできるわけでもなく、だからと言って努力をしたわけでもなく、なあなあでここまで来てしまいまして、運動は救いようがなくできず、不器用で趣味もないという有様。

諸事情あって時間ができて、将来について見直すこととなりまして、解析に手を出そうと一念発起したわけであります。

大学受験の知識はすっかり抜けてしまっているし、サボってばかりで真面目に勉強してこなかったので、統計やベクトルあたりは大の苦手。おまけに生物選択で物理は物理基礎しか学んでおらず、それもあやふやという、とんでもなくどうしようもない状況であります。

今、一番仲良くしているChatGPT4.0 miniに手伝ってもらいつつ少しずつ学習していく所存です。

このブログは、ただただ日々の進捗を報告しているものです。

ご理解のほどよろしくお願いいたします。

一日30~1時間程度で2節ずつくらい進めることを目標に。

とにかく毎日！

一日目　〜序章、1.1「Rのユーザーインターフェイス」

まずWindowsに付録Aを参考にRとRStudioのインストールを行った。

Rstudioはコンピュータと対話するための手段、Rは対話する時に使う言語であるらしい。

1.1では簡単な計算や数列の表示の仕方を学んだ。

四則計算は一般的な記号を用い、新しい知識としては

1:5が1から5までの数列を表すこと、[Ctl]+[C]でコマンドの取り消しができること。

二日目　〜1.2「オブジェクト」、1.3「関数」〜

1.2ではオブジェクトについて学んだ。

a<-1:6でオブジェクトaに1から6までの数字が格納される。

ls()ですでに使っているオブジェクト名が表示される。

Rは要素単位で計算を行うので、オブジェクト同士の計算では長いオブジェクトの長さが短いオブジェクトの長さの倍数にならなければならない(ベクトルのリサイクル規則)

1.3では関数について学んだ。

round(3.1415)で数値を丸めることができ、factorial(3)で階乗、mean(1:3)で平均を求められる。

ついにサイコロを振ることが可能に！

sample(x=1:4, size=2)で1~4のベクトルから2個の要素を返す

args(round)で関数roundの引数を調べることができる。

三日目　〜1.4「元に戻すサンプリング」、1.5「独自関数の書き方」、1.6「引数」、1.7「スクリプト」、1.8「まとめ」〜

sample(1:6, size=2)では、一つ目に引いた数字を戻さずに次の数を出してしまうので、引数を追加して、sample(1:6, size=2, replace=TRUE)とすることで独立した無作為サンプルを作ることができる。ただ、dice<-sample(1:6, size=2, replace=TRUE)とすると、diceには以前割り当てた計算結果が保存され、計算の再実行は行われない。

1.5の独自関数を使えば対処できるらしい。my_function<-function(){}という形で{　}の中にRのコードを入れる。

()は関数の実行の引き金となるものなので、()なしで関数名のみ入力すると本体を表示する。

また、()の中に引数名を入れることで、呼び出し時に引数の値を渡すと毎回異なる条件で計算させることができる。

デフォルト値を与えておくこともでき、関数を定義する際に()内に指定することにより、指定したい際には呼び出し時に因数を与え、そうでない時はデフォルトを使うことができる。

ここで問題発覚.....

ここまでR studioを使用すべきなのにRで作業していた....確かに表示が少し違うとは思っていたんだけど...

バージョンの差かと思ってました。問題なく動作しているけど、作業効率が異なるので今後困るのも嫌だしRstudioで今までの動作をやり直すことに。復習にはなるし綺麗に作れるのでまあよしとしよう。

無事、R studioでのやり直しが終わり、1.7では、R Scriptでコードを書いてRun(Ctl+Enter)するべきだということを学んだ。

1章を通して、わずかながらもパソコン操作や関数に慣れてきた気がする。

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