ある日、空から多数の正体不明の生物が飛来してきた。その生物は人間の頭に寄生して全身を支配し、他の人間を捕食するという性質を持っていた。寄生後も見た目は人間そのものであった彼ら「パラサイト」は、高い学習能力から急速に知識や言葉を獲得し、人間社会に紛れ込んでいった。

平凡な高校生である泉新一はその日、眠り込んでいる間に一匹のパラサイトの襲撃を受ける。偶然ヘッドフォンをしていた幸運もあり、間一髪で脳の乗っ取りは免れたものの、パラサイトは新一の右腕に寄生してしまう。右手にちなんで「ミギー」と自ら名乗るパラサイトと人間の奇妙な共生生活の幕開けである。パラサイトによるものと思しき事件が頻発するにつれて、新一は真実を知る者としての責任を感じるようになる。しかし、新一と自らの安全の確保にしか興味の無いミギーは、どちらにも与する気はなかった。