一般にネパール語で「竹を食べるもの」を意味する「ポンガ」に由来するとされるが、ネパール語にはそのような単語はない。ネパール語で「(五指を含む)手のひら」を意味する「パンジャ(panja)」に由来するという説もある。

単にパンダといった場合、現在ではジャイアントパンダのことを指すことが多い。しかし、最初はレッサーパンダだけが知られていて、単に「パンダ」と呼ばれていた。ジャイアントパンダの発見後に、従来のパンダをレッサーパンダ（英lesser panda 「小さい方のパンダ」の意）と呼ぶようになった。

中国語では、パンダを熊猫、ジャイアントパンダを大熊猫、レッサーパンダを小熊猫と呼ぶ。これらの使い分けは、本項のパンダと同様である。ジャイアントパンダを想い「熊猫」の字義に着目すると、体格などあまり似ていない「猫」の字が使われていることは不思議だが、原義はレッサーパンダのことだということを念頭に置けば理解しやすい。

パンダの系統問題

2種のパンダにはいくつかの共通点があり、中でも有名なのが、ヒトの親指と同じ役目を果たすよう進化した手根骨「第6の指」の存在である。このことから、これら2種は近縁と考えられ、パンダ科（Ailuridae、先に発見されたレッサーパンダ属が模式のためレッサーパンダ科とも）が置かれることもあった。クマ科やアライグマ科に入れられるときも、2種が近縁であることを前提として論じられることが多かった。

しかし、1972年、血清タンパク質の抗原抗体反応法により、ジャイアントパンダのみがクマに近いことが明らかになった。現在では、DNAや系統学的解析により、ジャイアントパンダはクマ科、レッサーパンダはレッサーパンダ科（現生種はレッサーパンダのみ）に分類される。これら2科の関係は遠い。パンダは多系統であり、2種の共通点は収斂進化によるものだった。