「マゴリアムおじさんの不思議なおもちゃ屋」は、創業113年を誇り、商品のおもちゃ達は命を吹き込まれたように動き回っている夢のようなお店。

従業員はオーナーのマゴリアムおじさん、23歳の雇われ支配人モリー、9歳のお手伝い少年エリックの3人。

ある日243歳を迎えたマゴリアムおじさんは突然引退を宣言し、モリーに跡を継がせると発言。この発言により、不満を感じたおもちゃたちが、いたずらや嫌がらせを始めてしまう。

不思議の国での冒険から13年後。

19歳となり、最愛の父親を亡くしたアリス・キングスレーはパーティに出席していた。

だが、このパーティーはアリスの母と姉が極秘裏に企画したアリスの婚約パーティだった。

アリスは貴族の御曹司・ヘイミッシュから求愛されるが、突然の出来事に混乱してその場から逃げ出してしまう。

そんな時、アリスはチョッキを着た白ウサギを追って、幼少時代に訪れた不思議の国へ再び迷い込み、そこでかつて出会ったマッドハッターやチェシャ猫達と再会。

不思議の国は13年前とは一変しており、赤の女王に支配された暗い世界と化していた。

アリスはかつてここへ訪れた記憶を失くしていたが、自分が預言書に記されている「救世主」だと知らされ、この世界を赤の女王の支配から解放するため、赤の女王の妹である白の女王やマッドハッター達の力を借りて、赤の女王に戦いを挑むことになる。