「まゆは7歳になったぞ」親友の墓に心の裡で語りかけるハーロック。まゆの吹くオカリナのメロディが安らかな時を満たしていく。だがこの静寂を破り、地球連邦軍の兵士と切田長官がハーロックを捕らえる。「発砲するな‼︎」まゆと親友の墓を守って立つハーロック。「では、おとなしくする事だな」嘲笑とともにハーロックに電子錠をかける切田長官。まゆを庇い無抵抗で捕られたハーロックは公開処刑場に引き出される。ハーロックを案じ涙を浮かべているまゆ。処刑台に立つハーロックに銃口が向けられた時、夕陽を背にアルカディア号が轟然とその勇姿を現す‼︎アルカディア号を前に腰を抜かして逃げ惑う警備隊。切田長官が躍起になって押し留めようとするが無益だった。電子錠をねじ切り、不敵な笑みとともに去っていくハーロック。まゆは笑顔で大きく手を振りながらハーロックを見送るのだった

凩の吹きすさぶ中どれほどの時が経ったろうかー一人堤防に座って待っていた少女に向けハーロックが静かに呼び掛ける「まゆ....!!」「ハーロック‼︎」懐かしい腕の中で泣きじゃくるまゆ「何故来たの⁉︎狙われているのよ‼︎」まゆの涙をぬぐい、抱き上げて優しく笑うハーロック「1年ぶりで会ったのに涙でご挨拶かい   さあ、よく顔を見せてごらん」このシーンで挿入歌「むかしむかし」が入る(オカリナの「まゆのテーマ」と並ぶ名曲中の名曲である)

ハーロックがまゆの誕生日を祝うため、単身地球に向かう事を知ったアルカディア号の乗組員達ー副長ヤッタラン、参謀格の有紀蛍を始め全員が反対する。「行けばきっと殺されます‼︎キャプテン」蛍の懇願も皆の反対も無力だった。一人ハーロックに全てを捧げた異星人の女ミーメが静かに言った「ハーロックハイキマス 誰ガナント言ッテモ  ハーロックハ約束ヲ守ル男デス
ソレガドンナ小サナ約束デモ命ヲカケテ守ル男デス」
約束の場所では少女まゆがハーロックの身を案じながら待っていた「来ないで、お願いだから来ないで‼︎」

西暦2974年ーこの時代、地球は豊かであった。人々は衣食住の全てを政府から支給され、働く必要がなかった。政府は人々の反乱を恐れ、各家庭に催眠効果の混じったTV映像を送り込み、人々はただ無気力に、満足感に酔いしれるのだった。だがこうした人類の未来に危機感を抱き、地球連邦政府に反抗する男がいた。各惑星からの輸送船団を襲っては略奪を繰り返す宇宙の無法者ー宇宙海賊キャプテン・ハーロックと40人の海賊達である。その頃、地球では各地の天文台が何者かによって爆破され、宇宙天文学者も次々に暗殺される事件が頻発していた。そしてこれもハーロックの仕業だと思われていた。彼を恐れ、手出ししない地球連邦軍の中でただ一人切田長官は、一年に一度ハーロックが今は亡き親友の忘れ形見である少女まゆの誕生日を祝うために単身地球に降りて来る時を虎視眈々と狙っていた.....

「宇宙戦艦デスシャドー」は「宇宙海賊キャプテン・ハーロック」のプロトタイプ的作品であり、デスシャドー艦長としてのハーロックは、松本零士版「ヤマト」にも登場する。宇宙の難所マゼラニックストリームの異次元断層に陥ちこみ、エネルギーを失いドメル艦隊の餌食になろうとしたヤマトを正体不明の黒色の戦艦が救う。同時にイスカンダルのスターシアから激励のメッセージが届く「偉大なる沖田艦長   あなたのそのお力でどうかヤマトの皆さんを無事イスカンダルまでお連れ下さい  私はお待ちしています」デスシャドー艦長の正体は進の兄  古代   守であり、ガミラスの攻撃で傷ついた余命幾ばくもない身体を機械化して生き延びていたのだった。アニメの「宇宙戦艦ヤマト」が26話で打ち切られた為、予定されたハーロックの出番も削られてしまった。ヤマトのハーロックは幻なのだ

異星人の艦長は最期の力を振り絞って尋ねる「お前の名は  お前の所属生命帯の名は」冷然と応えるハーロック「キャプテン・ハーロック  俺は俺の世界だけに生きている  どこの生命帯とも関わりあいはない」大破した宇宙艦の残骸と乗員の亡骸が地表に墜落する。池底深く潜み今日まで生き延びて来た人類最後の男達は哀しみ絶望する。彼等にはもはや女性は居らず、このままでは滅びるしかない。ハーロック達はいつか地表に人類が戻ると信じ、その日が来るまで荒廃した地球を全ての外部の影響から護るべく孤独な戦いを続けて来たのだった。やがて先遣隊の救難信号を受信した宇宙艦が地球目指してやって来た。異星人の女性が地球人と混血可能だと知ったハーロックは宇宙艦の機関部だけを破壊し乗員を地表に降す。「俺達の地球は甦るだろう」配下達に別れを告げハーロックと戦艦デスシャドーは大宇宙の深淵に旅立つ。彼は独りではない デスシャドーの中枢にはかつて彼を愛した女性の意志が生きているのだから

松本零士作品の中で最大のヒーローであるキャプテン・ハーロックは、本編以外に様々な形で登場する。これは「宇宙戦艦デスシャドー」のハーロック。現在とはアイパッチと顔のキズが逆である。遠い未来、海を失い見る影も無く衰退してしまった地球ー死の赤い惑星と化した地球に外宇宙から異星人の宇宙艦が訪れる。彼等は探査が目的で攻撃の意図はなく乗員は女性ばかりだった。その彼等を一撃で破壊した黒色の戦艦ーこれこそ「宇宙の悪魔」と恐れられる戦艦デスシャドーとキャプテン・ハーロック率いる海賊達だった

宇宙の無法者とマゾーンの女王の会談が始まろうとした時、マゾーン艦隊が無人のアルカディア号を襲い始める。さすがのハーロックも怒りをあらわにラフレシアを詰問する「これで話し合いとはどういう意味だ！ラフレシア」しかし、この攻撃は女王の意志ではなく、アルカディア号を撃破する好機と見たマゾーン参謀の独断によるものだった。アルカディア号の中枢大コンピューターには、大山トチローの魂が眠っており、独自の意志を持っていた。ベビーメルダーの地を戦いで穢された事を憤るかのようにアルカディア号は一撃でマゾーン艦隊を葬り去る。「どうやら私はお前に軽蔑された様ですね。私にとっても思いがけない事....殺し合う前に今一度ゆっくり語り明かしたいものですね  ハーロック」「ああ、強敵と飲む酒は一番美味いものだというからな」最後の決戦が間近い事を予感しつつハーロックはベビーメルダーに別れを告げる。「必ず帰って来るからな‼︎」残念ながら物語はここで中断したままである。いつか続編が描かれるのだろうか

マゾーンの女王ラフレシアとの最終決戦を前にハーロックは、アルカディア号を建造した「偉大なる我が友」大山トチローが眠る惑星ベビーメルダーに赴く。今は亡き友の墓標に向けてハーロックは激しく心情を吐露する。「トチロー何故死んだ   この世の最後を見届けてから死ぬと言ったのに何故死んだ！お前を愛したエメラルダスは、今もお前を探して宇宙を飛んでいるぞ  赤い血に白いドクロを染め抜いたあの旗を翻してな」墓標に海賊旗を立てなおも呼びかけるハーロック「俺達の旗は今も翻っているぞ、トチロー‼︎」寡黙なハーロックが胸に秘めていた想いを顕にする名シーンとして今も印象深い。そして遂に女王ラフレシアが直接ハーロックの前にその姿を現す。「私は戦いに来たのではありません。お前と話をしてみたくてここに来たのですよ」

台羽博士の残した資料テープから黒い球体の航跡が太陽系外の暗黒の宇宙から来た事を知ったハーロックは、父の復讐を誓う台羽  正を乗組員に加え今は亡き親友の魂が宿る海賊戦艦アルカディア号でマゾーンの宇宙艦隊と壮絶な戦いを繰り広げる。「蒔かれた種は従順で決して逆らったりしないものだ」と信じ、無気力化した地球人類など容易く制圧出来ると考えていた女王ラフレシアにとってキャプテン・ハーロックと40人の海賊の出現と徹底抗戦は予想外の事態だった。今の堕落した人類がマゾーンの地球人の進化に対する干渉だった可能性に気付き愕然とするハーロックだが「今の堕落した人類を護るのではない！遠い未来の可能性を信じて俺は戦うのだ」と語る。一方マゾーン側も宇宙という畑に人類という種を蒔いたのは自分達であり母星が消滅した今当然の権利として第二の故郷地球に
還るのだと主張する。言わばこの両者は宇宙の海で戦う好敵手同士なのだ