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<title>kopperi777のブログ</title>
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<title>RNA-seqとMassによるリピドミクス-寒さに対するBATのグリセロ脂質経路の変化</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;寒さに対する応答は褐色脂肪細胞(BAT)の遺伝子発現の変化と熱生産のキャパシティーを変化させます。今回著者らは、RNA-seqと質量分析を用いたリピドミクスが、寒さ応答での分子の変化の痕跡を、トランスクリプトームとリピドームのレベルで記述できる包括的なリソースとして、提供できることを示しています。著者らは、短期(3日)の寒さに曝露されることで、力強く幾つかのBAT関連遺伝子群が熱生産のために増加することを示しました。同様にirisinというホルモンをコードする遺伝子の発現も上がっていました。しかしながら、パスウェイ解析の結果、最も顕著に誘導されていた経路は、グリセロリピッド合成と脂肪酸の伸長に関わる遺伝子群でした。これは、トリアシルグリセロール(TAGs)のアシル鎖合成の顕著な変化と協調しておこり、グリセロリン脂質のアシル鎖の亜生成物の選択的な変化も同様に顕著でした。これらの結果は、寒さに対するBATの応答が、顕著にそして高くTAGsとグリセロリン脂質の両方の種選択的なリモデリングと関連していることを示唆しています。(2000 Cell Reports 13, 2000–2013, December 1, 2015)</div><div>&nbsp;寒さに対する応答は、ホルモンよりも、遺伝子よりも、リピドームの変化が顕著だったようですね。リピドーム、、、早いな、凄いな、と思います。でも、何となく捻くれた性格の私個人的には、このアブストを読んで、irisinが一番気になりました。聞いたことないホルモンだったので。ちょっと調べてみようと思います。こういうの調べるのが、また楽しいんですよね。リピドームをドラスティックに変えられるホルモンかもしれませんね。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12102103775.html</link>
<pubDate>Wed, 02 Dec 2015 23:15:30 +0900</pubDate>
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<title>ストレス顆粒はdsRNA依存性キナーゼ活性を制御する</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;ストレス顆粒は細胞質にある動的な貯蔵体で、翻訳が止められているRNAを含み、細胞のストレスに応じて集まります。著者らは、前回の報告でSGを新しく形成させる因子であるG3BP1が抗ウイルス活性を示し、dsRNA依存性キナーゼ活性(PKR)をストレス顆粒にリクルートし、eukaryotic initiation factor 2 (eIF2α)のαサブユニットをリン酸化することを示しました。今回著者らは、SG依存性のPKR活性を詳しく説明しています。G3BP1とPKRはお互いに直接相互作用をしていました。それは、G3BP1のNTF2様ドメインとPXXPドメインの両方に依存していました。また、G3BP1と相互作用するたんぱく質であるCaprin1もPKRに直接結合していました。この結合は、ストレス顆粒での効果的なPKRの活性化を制御していました。また、この結合は活性型PKRを細胞質へと基質の認識に向かわせるのに必要不可欠でした。このG3BP1-Caprin1-PKR複合体は新しい様式を代表するもので、メンゴウイルスに感染している間におこる抗ウイルス活性にとても重要です。著者らのデータはストレス応答と結果としておこるストレス顆粒と自然免疫の活性化をリンクさせました。それは、PKRを介して行われ、外来dsRNAのパターン認識のためのリクルートなしに行われました。(PMID:25784705)</div><div>&nbsp;ネットの調子があまり良くないので、マッタリしたペースで紹介して行くことにします。自然免疫とストレス応答がついにリンクしましたね。ストレス顆粒は別名Processing bodyとも言われ、神経変性疾患とも関連があると考えている人もいます。昔から、感染症に伴う脳炎から変性疾患を起こす例も知られています。ここでストレス応答時にここで起こる翻訳がホメオスタシスにどのような影響を与えているのでしょうか？eIF2αの下流にある抗ウイルス活性の具体的なメカニズムは？この領域は、今後の解析が無茶苦茶気になります。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12101718860.html</link>
<pubDate>Tue, 01 Dec 2015 23:00:05 +0900</pubDate>
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<title>統合ゲノム解析に基づき発見された新たな自然抗ウイルス応答制御因子</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;RIG-I様受容体ファミリー(RLR)は、細胞質のウイルスRNAを検出し、TypeIインターフェロン(IFNα/β)の生産を開始するために必要不可欠な経路です。そして、それらは自然抗ウイルス応答を開始します。多様なゲノムワイドデータによる系統だったアセスメントを通して、著者らはRLR経路に関わる成分であると知られている中で、新たに10の分子の痕跡を同定しました。RLR経路に関わる遺伝子は、急速に進化した傾向があり、ウイルスたんぱく質と相互作用し、限られたアミノ酸ドメインのセットを持つ特異的な転写因子のみに制御されていました。そして、タイトなネットワークとのコネクションを形成していました。著者らはベイズ統計を用いて、これらの痕跡を統合し、新たなRLR経路制御因子とすることを提案しています。RNA干渉によるノックダウン実験と高性能なプレディクションによって、ウイルス感染によりIFNβを生産することに影響を与える、187候補遺伝子の内から94個の遺伝子を同定しました。その抗ウイルス制御因子は広い細胞のプロセスに関与している可能性があり、複雑なウイルス防御システムの存在を浮きぼりにしました(例、MAP3K11, CDK11B, PSMA3, TRIM14, HSPA9B, CDC37, NUP98, G3BP1)。そして、それらには未知の因子も含みます(DDX17, C6orf58, C16orf57, PKN2, SNW1)。著者らが評価したRLR経路遺伝子リスト(http://rlr.cmbi.umcn.nl/)は、統合ジェノミクスと実験の組み合わせにより、自然ウイルス免疫応答に関わる遺伝子群の新たなリソースを齎したといえます。(PMID 26485378)</div><div>&nbsp;ネット復旧しました。止まったことにも、また復旧したことにも、感謝の気持ちを込めて、PLoS computional biologyからの記事にしました。今回見つかっている遺伝子群は明らかに既存の自然免疫応答経路とは認識されていない細胞プロセスに関わる遺伝子や別のシグナル因子です。ドライの威力が発揮された感じですね。まだ、リストのサイトには行っていませんが、これからアルゴリズムや統計等も含めて勉強したいと思います。ネット社会に生きる個人は、見えない多くの人々に支えられていますね。あたかも、ウェットの目で見えるRLR経路と今回インシリコの目から見つかったそれを支えている10の分子のようですね。また、オフラインですらも、定期的に送られてくるメールには、何か地球の自転のような、止まれないものを感じました。見えるものと見えないもの、両方大切にして行きたいと思います。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12100846355.html</link>
<pubDate>Sun, 29 Nov 2015 16:22:46 +0900</pubDate>
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<title>ネットがビジーで論文が読めないため休載します。</title>
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<![CDATA[ 何故？ってな感じです。復旧したら、また再開する予定です。ではまた。
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12100264173.html</link>
<pubDate>Fri, 27 Nov 2015 21:36:10 +0900</pubDate>
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<title>霊長類特異的ノンコーディングRNAであるHPAT5は着床前の発生とリプログラミングを制御している</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;Long intergenic noncording RNA(lincRNA)は、ゲノム上の数千箇所から転写されます。そしてそれらはしばしばトランスポゾン(TE)でエンリッチされます。TEに誘導されるlincRNAのファミリーは近年、多能性を制御していることが示唆されていましたが、個々のファミリーメンバーのそれぞれの特異的な機能については、これまであまり知られていませんでした。今回著者らは、3つの新たなTE誘導型のlincRNAであるヒト多能性転写産物2、3、5(HPAT2、3、5)の機能解析を行いました。機能欠損試験では、HPAT2、3、5は着床前胚発生において、内部細胞塊の多能性獲得を調節していました。<span style="-webkit-text-size-adjust: auto; background-color: rgba(255, 255, 255, 0);">CRISPRを用いて、</span>多能性幹細胞内でこれらの遺伝子を壊して、続いて全トランスクリプトーム解析を行うと、HPAT5は多能性ネットワークの主要な成分でした。レポーターアッセイとたんぱく質との結合を調べる実験を行うとlet7マイクロRNAファミリーと結合していることが分かりました。著者らの結果は、霊長類特異的なlincRNAの大きなファミリーが、発生と分化時に、胚細胞の運命決定を力強く補強するための遺伝子の発現調節をしていました。(Nature Genetics (2015)doi:10.1038/ng.3449)</div><div>&nbsp;lincRNAが、たんぱく質を作らないのに転写されているのは、やっぱり深い意味があったんですね。lincRNAの何処かの開始メチオニンを無理に復活させてたり、新しく作ったりしたら、どうなるんでしょうね。また、lincRNAが機能があると言うことは、たんぱく質になる遺伝子のmRNAもまんまで機能があったりしちゃうんでしょうかね。そう考えると生物学って、予算さえあれば無限に研究できそうで、果てしなくて、怖いですね。身体の中に宇宙がある感じですね。また、マウス等にこの霊長類特異的lincRNAファミリーを移植するとチューチュー鳴いていたマウスがウホウホ言い出さないか不安ですね。ウフフ。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12099925755.html</link>
<pubDate>Thu, 26 Nov 2015 21:59:13 +0900</pubDate>
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<title>アデノベクターワクチンにより誘導されるマウスとヒトに保存されたCD8陽性メモリーT細胞の分化</title>
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<![CDATA[ <div>ワクチンに曝露されると、次に抗原特異性CD8陽性T細胞の反応がおこり、長期間記憶が蓄積されます。アデノウィルスベクターに基づくワクチンの戦略は、例えばヒトサイトメガロウィルス(HCV)ベクターの開発等は、実質的なCD8陽性T細胞のホピュレーションを誘導し維持出来ます。どのようにして、このようなワクチネイションに続いて進化するホピュレーションは、その発現レベルまで厳密に制御され続けるのでしょうか？そこで著者らは、モデル抗原であるβガラクトシダーゼをコードするアデノウィルスベクターを用いて、多様なCD8陽性T細胞のメモリープールでの転写制御を調査しました。そして、転写のプロファイルが、持続的に起こる病原体の感染を、擬似的に模倣している事を観察しました。これはマウスでもヒトでも確認出来ました。キーとなる発現パターンの顕著な特徴は、ホーミング受容体と抗アポトーシス経路の発現上昇が含まれ、それはt-betと呼ばれる転写因子によってドライブされていました。さらに、ヒトにおいて、アデノウィルスワクチンがCMV様の表現型と転写因子制御を誘導しました。これらの結果は、アデノウィルスベクターによるワクチネイションに引き続いておこるCD8陽性メモリーT細胞のコアな特徴を明確にしました。それはヘルペスウィルスでも持続性がシェアされる保存された経路があることを示唆しています。(1578 Cell Reports 13, 1578–1588, November 24, 2015)</div><div>&nbsp;抗原が特殊なのかと思いきや、まんまAd-LacZでした。しかし、抗原とMHCテトラマーを用いてCD8陽性メモリーT細胞を釣ってくるところがとても特殊で洗練されているように思います。その後の網羅解析もとても勉強になります。マスサイトメトリー(CyTOF)でCD8陽性T細胞の多様性を見ているのも、何だか最早付いて行けてないですが、こうした方法を使うことによって蛍光だけの解析よりも、正確に多くの表面抗原をプロファイルできるのかも知れません。今日はまだ読みたてで、頭がグチャグチャなので、後でじっくりお勉強しようと思います。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12099600277.html</link>
<pubDate>Wed, 25 Nov 2015 22:57:06 +0900</pubDate>
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<title>ESCRTIIIの渦巻きバネが緩む時、膜の湾曲が起こる</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;ESCRTIIIは、脂質膜のリモデリングに必要で、それは多くの細胞の営みの中で、器官脱離からウィルスの出芽や多小胞体生合成まで様々です。しかしながら、ESCRTIIIの重合が、どのように膜を湾曲させるかは、議論中でした。今回著者らは、ESCRTIIIの主要構成因子であるSnf7が脂質二重膜の表層で渦巻き状に重合していることを発見しました。そして、脂質の表層全体を覆ったあと、渦巻きは成長を止め、密にパックされました。それは多角形の形をしていて、側方から圧縮されて変形したと考えられます。著者らは、渦巻きがバネのような働きを持っていると推論しています。Snf7フィラメントの重合エネルギーと硬度を測定することにより、密閉区域が出来上がることを示しました。さらに、圧縮されたSnf7渦巻きが、膜と湾曲の間で伸縮性の伸びをしているのを観察しました。このバネ様活性によって、膜から小胞が軛れて分裂する原動力になっていると考えられました。(Cell 163, 866–879, November 5, 2015)</div><div>&nbsp;こんな純粋な生物学論文がもっとたくさん評価される地球であってほしいと願ってやみません。私もこのバネみたいなのは、アクチンファイバーがドリルみたいな形してるなーと思ったことが過去にあって、多分それの仲間ですね。浸潤するのとエキソサイトーシスや出芽や分裂は、満更みんな兄弟なのかもしれませんね。私の勝手な想像ですが、多くの生物学者が絶対に何処かにフィボナッチが隠れているはずと真面目に妄想して研究していると思います。しかしまだ、私の知る限りでは、誰も細胞の微細構造からは見つけられていません。三次元の観察の進化により、Z軸に方向へ数列を拡張すると黄金比に広がるフラクタルが必ず見えて来ると信じています。生きているうちにそれを見たい。この論文を読みながら、ついに来たかとドキドキしましたが、まだでした。でも、絶対近づいている気がします。このような重合系因子の今後の展開がとても楽しみです。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12099223429.html</link>
<pubDate>Tue, 24 Nov 2015 21:58:51 +0900</pubDate>
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<title>Ih3糖転移酵素は直接標的特異的な末梢神経再生を指示する</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;機能的神経再生は傷付いた軸索とその元の位置に再び軸索を伸ばそうとすることが必要です。その元の位置を標的とした再生過程についてのメカニズムは余り分かっておらず、未だ不明瞭なままでした。そこで今回著者らは、ゼブラフィッシュのライブイメージを用いて、損傷後の運動性軸索が元の筋肉の支配領域に対して優先性を示し、そしてまた、元の経路を選択する前に広範囲に正しい道や、間違えた道を作り、探索することが分かりました。著者らは、この過程にIh3という糖転移酵素が必要であることを示し、そして創傷後にシュワン細胞でIh3が発現することが、この標的特異性再生に十分でした。創傷部の隣にいるシュワン細胞がIh3を発現し、コラーゲン4a5を基質としていて、再生中にはコラーゲン4a5が不適切な探索を不安定化することで、標的特異的な再生を実現していました。それは、軸索リペラント(寄せ付けない)因子のslit1aを介して行われている可能性がありました。著者らの結果は、細胞外マトリックス(ECM)成分の選択性と元の位置まで再生できた軸索のサブポピュレーションとを結びつけました。それは前に提唱されていたシナプス選択性による標的選択において、正しく評価されていなかったメカニズムを、今回インビーボの再生系を用いて明らかにしました。(PMID 26549330)</div><div>&nbsp;今日はNeuronからの論文を取り上げました。アブストラクトがムービーでCellにとても分かり易く掲載されていて面白そうだったので、選びました。ペンシルベニア大学(UPENN)のお仕事だそうです。楽しそうなラボですね。切れた軸索が元の位置に戻るメカニズムはそのECMとIh3の微妙なバランスで実現しているようですね。最後にちょろっと出てきたSlit1aがとても気になりますが、知りたい方は本文をどうぞ。この領域は生きたまま神経が見えるゼブラフィッシュの独壇ですね。生きたまま透明なマウスや猿がいたら良いのにと思っちゃいます。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12098787624.html</link>
<pubDate>Mon, 23 Nov 2015 18:41:39 +0900</pubDate>
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<title>抗体薬が解き明かす成人の肺におけるNotchシグナルによるトランスディファレンシエーション制御</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;支配的な法則(ドグマ)の下で、Notchリガンドと受容体を介した細胞間コミュニケーションは前駆細胞の分化時のバイナリ細胞の運命決定を、修復にかかわる分化系譜と共に行っています。哺乳類の気道における粘膜毛様体クリアランスは分泌細胞(クラブ細胞やゴブレット細胞)と繊毛細胞によって行われ、粘液の生産と輸送が行われます。発生時と修復時には、Jaggedリガンド(Jag1とJag2)が密に関連してNotchシグナリングを誘導し、前駆細胞の増殖を促すための細胞系譜を決定していきます。このような細胞系譜の決定がなされる状況下では、修復系細胞の分裂が急速に行われるのに対し、成人の恒常性維持を行う気道上皮細胞は長生きで安定しており、このような状況下でのNotchシグナル活性の役割は余り分かっていませんでした。生体の哺乳類でJaggedシグナルを急性に遮断するために、今回著者らがとった方法は、それぞれのJaggedパラログを選択的に拮抗する抗体を作製し、結晶解析によりその選択性を説明しました。この手法により、急性のJaggedシグナルの遮断によりクラブ細胞は完全に近い形で急速に失われて、それに伴い繊毛細胞が増加しました。これらは、恒常性維持的に行われ、細胞死や分化が増えるといった訳ではありませんでした。細胞系譜解析により分かったことは、クラブ細胞は直接繊毛細胞へ、増殖を伴わずにコンバージョンしていて、それは保守的な定義を用いればトランスディファレンシエーションという言葉が当てはまります。また、Jaggedの阻害は前臨床的喘息モデルのゴブレット細胞化生を元に戻すことができ、この領域に治療的基盤を与える結果となりました。著者らの発見は、Jaggedの拮抗作用は、細胞間コンバージョンをブロックし、予想外の可塑性を明らかにして、Notchシグナル制御によるトランスディファレンシエーションモデルを構築出来ました。(Nature (2015) doi:10.1038/nature15715)</div><div>&nbsp;細胞間コミュニケーションの中枢であるNotchシグナル。今回はそこを制御することにより、細胞死を伴わないコンバージョンが実現し、組織の修復と平和が齎されました。なんと理想的な治癒方法でしょうか。驚くべきは、そこには過増殖すら必要としないのです。それが、そもそも自然の教義であったことに人類は気づいて行くのですね。私たちは医療を通して、生命の尊厳と社会の在り方を学ぶのですね。そう考えると、未来においては、コンバージョンすらも必要としない医療が身体の中と外で実現しているかもしれませんね。それを学べるNature、大好きです。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12098484779.html</link>
<pubDate>Sun, 22 Nov 2015 21:51:57 +0900</pubDate>
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<title>外傷性脳損傷(TBI)後の病巣中心でAQP4とDGが脱極性している</title>
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<![CDATA[ <div>&nbsp;外傷性脳損傷(TBI)後の脳浮腫形成において、どのようにアクアポリン4(AQP4)とジストログリカン(DG)が極性的な分布の変化を行い、それらの役割を果たすのか、それを理解するために、脳水量、エバンスブルー染色(血管透過性)、リアルタイムPCR、ウエスタンブロット、免疫染色を行いました。</div><div>&nbsp;結果は、TBIの初期段階で、AQP4とDGは血管周囲のエンドフィート(少し太くなっているアクソンターミナル、足突起)で脈管様の発現パターンを維持していました。APQ4アイソフォームのM1とM23とM1/M23比が病巣の中心で増加していました。しかし、TBI後期では、DGの発現がこの血管周囲の領域で失われていました。これはAQP4も似たような感じでしたが、しかし少し遅れて変化していました。M1とM23とM1/M23比とDG？の発現は増加していました。</div><div>&nbsp;結論としては、早期のTBIでは、DGとAQP4の極性的な分布は保たれていて、M1とM23の発現上昇により浮腫形成が食い止められていました。後期のTBIでは、そのDGとAQP4の極性分布は血管周囲で失われて、最悪の浮腫形成を招いていました。このDGの発現変化がTBI後のAQP4の発現変化を調節してる可能性が示唆されました。(BioMed Research InternationalVolume 2015 (2015), Article ID 471631)</div><div>&nbsp;今日は細胞の浸透圧について調べたかったので、AQP4の最近の話題についての論文にしました。AQP4には転写開始点の違いにより生じる２つのアイソフォーム、M1とM23の存在が知られています。M1/M23比の正常値は約0.333だそうです。AQP4は4量体で、とても規則正しく膜に分布しているそうですが、それを支えているのはDGだったんですね。TBI早期はDGの発現は維持されていますが、M1の発現がM3の発現上昇より上がるとM1/M23比が上がります。最も長いM1アイソフォームのみに存在するN末端領域はAQP4の規則正しい分布(アレイ構造)を壊す働きがあるらしいので、それを考えると、早期でも既にミクロの破壊が始まっているのかも知れません。それはDGの脱落が確認されるほどになるよりも早い。つまりはM1の上昇がまず初めに確認できて、それはAQP4の構造を崩し初め、それに伴いDGが落ちていると見ることも出来ます。何かAQP4のアレイ構造を安定化させうる薬剤があれば、TBI時の脳浮腫拡大を最小限に抑えることができるかも知れませんね。お勉強になります。ではまた。</div>
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<link>https://ameblo.jp/kopperi777/entry-12098121335.html</link>
<pubDate>Sat, 21 Nov 2015 21:18:50 +0900</pubDate>
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