https://ameblo.jp/marmelo526/ 某医大大学院生の日記ときどきすいそう日記去年の夏から始めた水槽が3本になりました。 ja
in silico（イン・シリコ）は、in vivo や in vitro などから派生して作られた用語で、「シリコン内で」というニュアンスであるが、実際の意味は「コンピュータを用いて」というものである。バイオインフォマティクスなどの研究で頻繁に見られる表現である。

silico はシリコン（ケイ素）で、コンピュータの半導体にシリコンが使われていることからこのような表現になった。

分子生物学などの実験や測定は通常、ウェット (wet) と呼ばれるように細胞や各種の生体分子を実際に取り扱いながら行われる。それに対して、実験や測定に関連するシミュレーション計算など、実際に対象物を取り扱わず計算で結果を予測する手法を指して in silico と呼ぶ。
]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11291705002.html Sun, 01 Jul 2012 19:42:36 +0900

Tm(melting temperature)
プライマーの設計にはTm値の計算が不可欠である。Tm値とは二本鎖DNAの50％が一本鎖DNAに分かれるときの温度である。

DNA二重らせんにおいて、相補鎖間のA-T間の水素結合は二本。G-C間では水素結合が三本。
G-C間の結合はA-T間と比較して安定で、GC含量が多いDNAはTm値が高くなる傾向がある。

ふだんは
GC%　30～70くらい
Tm値は57～64℃くらいにしています

PCRはdenature94→annealing62→extension72℃で30cycleくらい、アニーリング温度がすこし高めです。。
アニーリング温度はTm値より低くするのがセオリーみたいですよ(5度くらい)
そこまで意識しておりませんでした

もっと勉強しないといけないものですね


今日はgenescanのサンプル回収→頻度の計算
報告の作成です。 ]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11291652791.html Sun, 01 Jul 2012 18:32:42 +0900 移動： 案内, 検索

日常生活動作（にちじょうせいかつどうさ）、ADL（英: activities of daily living）とは、食事・更衣・移動・排泄・整容・入浴など生活を営む上で不可欠な基本的行動を指す。それぞれについて自立／一部介助／全介助のいずれかであるか評価することで障害者や高齢者の生活自立度を表現する。最近は、日常生活活動と言われることが増えてきている。

日常生活動作は、単に能力を回復するだけでなく装具や施設を対応させることでも向上させることができる。障害者でも健常者と同じように使用できることを目指した設計はユニバーサルデザインと呼ばれる。

また、日常生活動作周辺の動作として、日常生活関連動作IADLがある。
日常生活動作の評価項目 [編集]

100点満点でスコアリングされる。その項目は、食事、椅子とベッド間の移動、整容、トイレ動作、入浴、移動、階段昇降、更衣、排便自制、排尿自制である。
]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11284980385.html Sat, 23 Jun 2012 18:29:48 +0900
咽頭（いんとう, Pharynx）とは、脊索動物門固有の器官で、消化管の前部で口腔と食道の中間にあり、胚の時期には、両側壁にいくつかの咽頭嚢が前後に並んで発生する部分のことである。咽頭と食道または喉頭の境界は第6頸椎である。

鼻腔に続く口蓋のレベルより上の部分を上咽頭（epipharynx）、鼻咽腔（びいんこう/びいんくう）、あるいは咽頭鼻腔部（nasopharynx）と呼ぶ。呼吸器（上気道）の一部を構成している。

咽頭の第2の部分は口を開けると見える中咽頭（mesopharynx）であり、咽頭口腔部（oropharynx）ともいう。

最下部の下咽頭（hypopharynx）は咽頭喉頭部（laryngopharynx）ともいい、喉頭の後方から両側方にかけて存在する腔で、ここから気道より分かれた消化管となる。

↑wiki先生より。なんかぱっとしない。

]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11280313686.html Sun, 17 Jun 2012 23:58:51 +0900
通常、抗体産生細胞を骨髄腫細胞と細胞融合させることで自律増殖能を持ったハイブリドーマ (hybridoma) を作成し、目的の特異性をもった抗体を産生しているクローンのみを選別（スクリーニング）する。この細胞を培養し、分泌する抗体を精製して用いることになる。モノクローナル抗体を作製する方法を1975年に発明したジョルジュ・J・F・ケーラーとセーサル・ミルスタインは1984年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。

最近では、動物を使用しないファージディスプレイでのモノクローナル抗体作製が行われている。ハイブリドーマを使用する作製方法とは違い、ファージディスプレイでの作製では、完全なるクローンでの追加抗体作製が可能で、安定的に研究を行うことができる。 国内では、ジーンフロンティアが、サービスの提供を行っている。
]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11275132654.html Mon, 11 Jun 2012 22:25:32 +0900 in situ ハイブリダイゼーション（ISH）法は、染色体上や間期核においてある特定の塩基配列や遺伝子を可視的に位置づける方法として、分子細胞遺伝学の分野では不可欠な技術である。プローブDNAを標識物質（ハプテン）で標識し、これとハイブリッドしたDNAは、ハプテンに対する蛍光色素標識の抗体を用いて検出することができる（FISH法；蛍光in situ ハイブリダイゼーション法）。近年、2種類以上のプローブに対し、異なる標識－検出系を組み合わせることで一度に数種の異なるDNA配列（遺伝子）を検出することが可能になり（Lichter et al. 1990）、この方法は多色FISH法とよばれ、ヒトの染色体地図作製に大きな成果をあげた（Ried et al. 1992） ]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11274974242.html Mon, 11 Jun 2012 20:04:04 +0900 アメンバー限定公開記事です。 https://ameblo.jp/marmelo526/amemberentry-11267223021.html Sat, 02 Jun 2012 19:39:37 +0900 おもしろかった。
Taqman　probeってすごいお金かかるのでは

話変わって

CNV
コピー数多型　調べていた。

一般に、ヒトの遺伝子は父母それぞれのゲノムに由来するものを一組ずつ、あわせて二組受け継ぎます。したがって、通常、ある遺伝子に着目した場合、それぞれ2つ（＝2コピー）の遺伝子を有するものと考えられてきました。しかし近年、個人によっては1つの細胞あたり、ある遺伝子が1コピーのみ、あるいは3コピー以上存在するといった遺伝子のコピー数の個人差（コピー数多型）があることが判明しました。このコピー数多型は、様々な薬の効きやすさや副作用の違いといった個人の体質差を生み出す原因として注目されています。従来の研究では、一塩基多型に代表される個人間の遺伝子の"塩基配列の違い"が良く知られていました。これに対して、このコピー数多型といわれる現象は遺伝子の"数の違い"です。この現象下では、ゲノム上で遺伝子を丸ごと含むような配列が重複もしくは欠損しているため、時には数1000塩基対～数100万塩基対程度の大きな領域の数が、個人間で異なります。

マイクロサテライトとは違うそうです。
遺伝子ごとどかって感じなのかな

今日読んだ
→細胞工学201206
　実験医学201206
　リアルタイムPCRの本すこし
]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11266622712.html Fri, 01 Jun 2012 23:47:08 +0900
あかひれの口が欠けたり
プレコがぐあいわるくなったり
ベタがぼろぼろになったり

いろいろありましたが、
水かえ頑張っていきたいと思います。
]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-11023050533.html Mon, 19 Sep 2011 21:09:36 +0900
しやくが黄色になりました


流木のあくの色はまだつづいているけど、おちついてきたら
グッピーとクラウンローチを投入したいものです


ちいさい三代目グッピーも暑さで死亡してしまったかもしれません。。

夏を越せなかったさかなたちは何匹なんでしょう。


ベタは無事にすごしているようです。
]]> https://ameblo.jp/marmelo526/entry-10988228662.html Tue, 16 Aug 2011 22:34:23 +0900