使徒から人類を守る世界組織がゼーレであり、ネルフはその特務機関である。

ネルフではエヴァンゲリオンという人造ロボットを開発した。このロボットは一種の生命体であり、エヴァンゲリオンと精神的に共鳴する14歳の少年少女しか運転することはできない。

主人公のシンジはそうしたパイロットの一人である。

ストーリー展開自体は従来の冒険アニメと何ら変るところはない。

1960年代の鉄腕アトム、1970年代の宇宙戦艦ヤマト、80年代の機動戦士ガンダムに連なる系譜である。

ところが驚いたことに、主人公のシンジ少年はしばしばエヴァンゲリオンに乗ることを拒否するのである。

確かにガンダムでも主人公のアムロは大人たちに酷使されることに反発して、ガンダムから一度は離れる。

あるいは巨人の星の星飛雄馬も、野球しかなった自分の人生に嫌気がさしてボールを握らない時期がある。

　しかし、シンジ少年の場合はアムロや飛雄馬のケースとは本質的違う。

物語の最終段階において、ゼーレとネルフの意見対立から、戦略自衛隊がネルフを総攻撃する場面がある。

ここでシンジの指導教官であり保護者でもあるミサトが致命傷を負い、死のまぎわにシンジにエヴァに乗るように懇願する。シンジはそれでも乗ろうとしないのである。

最後まで戦おうとしない少年主人公というのは、今までにあったのだろうか。

確かにことエヴァンゲリオンに関しては、やっぱり必ずと言っていいほどシンジの弱さが出てくる。

そんな弱っちい主人公だからこそひょっとしたら魅力を感じてしまうのかもしれない。

語源は「福音」を意味するギリシア語のエウアンゲリオン(ευαγγελιον,euangelion)より。

またその頭3文字を取った略称Evaは、聖書の創世記に登場する最初の女性・エバにも掛かっている。

機体番号表記については日本国内で建造されたEVA零～弐号機（弐号機は、設計・部品建造を日本で行い、ドイツでは組み立てのみを行った）は漢数字で、日本国外で建造されたEVA3号機～13号機はアラビア数字で表記するという設定が存在しており、脚本や漫画版、スーパーロボット大戦シリーズなどでは一貫して、これに則した表記がなされている。

一方、漫画『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』やゲーム『新世紀エヴァンゲリオン2』、『スーパーロボット大戦F完結編』、バンダイから発売された「プラモデル」、「超合金魂」や、海洋堂から発売された「リボルテック」では「3号機」を「参号機」と表記している。

まだ若い１３歳の少年が突然エヴァに乗ることを強要され、

苦しみ、迷い、他の人間たちとぶつかって強くなっていくストーリーです。

その他にも、まだまだ様々な謎が隠されており、非常に面白い作品だと思います。