1980年代後半より鉄道では直行できない区間を走る高速バスが急速に増えつつある。
北関東ではJRバス関東を主導に鉄道では乗り換えが強いられる新宿駅発着のバスを新設する傾向が続いている。
渋谷・新宿から静岡県各都市を結ぶ高速バス路線や、東京駅～（清水駅経由）折戸車庫間「しみずライナー」、東京駅～富士駅・富士宮駅間「かぐや姫エクスプレス・やきそばエクスプレス」といった東京駅と静岡県各都市の中心部を直行する路線、東京駅～知多半田駅間「知多シーガル号」（夜行便を含む）などが新規に開設された。
各都市から東京への移動需要がありながらも新幹線の駅から離れていたり、東海道新幹線「のぞみ」が新横浜から名古屋まで無停車であり、静岡県内・愛知県東部から利用できる新幹線「ひかり」の本数も1～2時間に1本程度と少ないこと、かたや在来線は近年のダイヤ改正で東京へ直通する列車が大幅に減少するなど、各地域から東京へ直行できる鉄道がなくなったことが背景であり、直行需要を狙って高速バス路線を開設したものである。なおこれらの路線や東名ハイウェイバスでは首都高速での渋滞を懸念し、東急田園都市線の用賀駅で乗り継いだ際に運賃割引を行う社会実験を行っている。
それまで中央高速バス以外の路線が存在しなかった山梨県では2000年に大阪・京都～甲府駅間「クリスタルライナー」を皮切りに名古屋～甲府駅間「名古屋ライナー甲府号」、大阪・京都～富士山駅（開業当初は富士吉田駅）間「フジヤマライナー」、横浜～河口湖駅間「レイクライナー」が相次いで開通。また中央高速バスも新宿から南アルプス市・身延山へ行く「身延線」や山梨県北部の中央本線から外れたところを走る「北社・白州線」などそれまで直通する交通機関のなかった都市間の高速バスが次々と開通した。特にクリスタルライナーと名古屋ライナー甲府号、中央高速バス身延線は利用率が好調で、車両の大型化や専用車両の導入、増発などが行われている。
名古屋駅・栄発着の東海・中部地方内路線においても名鉄系が拡大戦略をとっており、豊田市、可児、関・美濃、郡上八幡、高山の系統では増発傾向にある。特に高山系統は長年名鉄犬山線直通列車としての伝統を持っていた「北アルプス」の廃止に至るなど、鉄道から高速バスへの転換が進む格好となった。
京阪神地区では大阪梅田～伊賀上野の路線が新規に開設され、さらに新名神高速道路開通に伴い、近鉄特急では大回りになる京都と三重県北中部とを直行する路線を新たに開設した。また舞鶴若狭自動車道の延伸で福井県の若狭地区へのバスも新設されている。
反対に、大都市内の道路渋滞を避け、かつ従来はバスの通過を横目で見ていた大都市郊外の居住者層をターゲットとするため、敢えて都市圏の外縁部にターミナルを設定する高速バスも登場した。これは「あだたら号」（新越谷駅～郡山駅間）や守谷～日立線(2008年（平成20年）7月で廃線)などが該当するが、頻繁にダイヤ改正を行うなど試行錯誤を繰り返し苦戦している現状である。
南東北では、各都市と東京・大阪・名古屋などとの間で格安のツアーバスが参入する一方、一時期仙台市を中心とする東北地方内の都市間高速バス路線における新規参入事業者と既存運行会社との値引き競争が行われたことにより、陸上交通の再編が起きた（詳細は→仙台経済圏の交通環境の変化）。
九州地区では都市高速と高速道路が直結し定時性が確保されてるようになり、片道運賃ないしは往復乗車券・回数乗車券をわかりやすい運賃に値下げする戦略が取られるようになった。例えば昭和自動車の「からつ号」「いまり号」ように既存事業者（西鉄バス）の撤退により大幅な増便や運賃回数券の値下げといった独自の拡大戦略が可能となり急成長した路線もある。
2005年から宮崎、鹿児島以外の九州地区の高速バスが乗り放題となる「SUNQパス」を発売した。翌2006年からは路線バスも乗り放題の対象にするとともに、宮崎県・鹿児島県でも使用できるようにした全九州版の発売も開始された（福岡県・佐賀県・長崎県・熊本県・大分県のみを対象とするパスも、同じく路線バスを乗り放題の対象に加えて北部九州版として発売している）。また、高速バス路線の集中する高速基山での乗り継ぎによる割引制度を導入し、対福岡間以外でも利便性の向上を図っている。
四国地方（特に香川県と徳島県）では、京阪神方面への高速バスの充実ぶりによって新たなる動きが見られる。高速バス利用者を対象に、バスターミナル付近の駐車場の駐車料金を24時間または48時間以内なら無料にするいわゆる「パークアンドライド」のシステムの採用が増えてきている。特に四国東部は公共交通機関が乏しく、マイカーの利用が主流になっていることを主眼にした施策とも言える。