http://www5.ocn.ne.jp/~sei_3

Ⅳ：6月3日　蛋白質の立体構造の観察
　DNA結合領域に保存されるモチーフの一つであるジンクフィンガーのコンセンサス配列を検索する。
ⅰ.サイト名：ゲノムネット
操作
○検索 ：Entrez→ PROSITEを選択、search→ zinc finger C2H2 で検索(GO)
○目的の項目(講義では最初の項目)をクリック

ⅱ.サイト名：RCSB　or　PDB で検索
操作
○検索 ：Entrez→ PDB ID or Textを選択、search→ 1aay
　 ○右に表示されたグラフィックスの View in Jmol をクリック→立体構造が表示される。

　次に立体構造と配列を同時に見る。
　○表示バー(画面の右上部×印の横)の
アドレス：http://www.pdb.org/pdb/explore/jmol.do?structureId=1AAY&bionumber=1
を次のように変更する。↓
アドレス：http://www.pdb.org/pdb/explore/quickPDB.do?structureId=1AAY&bionumber=1

○Display Fikes をクリック→PDB Fileを選択するとpdbファイル(レコードの中身)が表
　　示される。
　 ○表示の意味：HEADER ← レコード名
　 ○画面を一つ戻り、Download Files をクリックし、PDB File(Text)を選択し、保存。
○RasMolで表示可能。



Ⅴ：6月10日　蛋白質の一次構造からの高次構造の予測
ⅰ.サイト名：Papia
操作
○4.Protein Secondary Structure Prediction をクッリク→直接入力によって配列を決定
　　→予測手法：Chou-Fasman法 にチェック
　　→( PDB の配列を参照する場合はここをクリック )をクリック
　　→PDB エントリー ID コードを入力(講義では 1TIM)し、Get Sequence をクリック
　　→ AをチェックしNextをクリック→ 配列をコピー

ⅱ.予測をPDB(←サイト)でチェックする。
操作
○PDBにアクセスし→検索窓に1TIMを入力し→左側のDownload Files のPDB File
　　(Text)をクリック→名前をつけて保存。
○RasMolで表示。





　　　　　　　RasMolを起動しなの後のコマンド入力は面倒なので割愛
 

Ⅲ：5月27日 蛋白質の一次構造からの機能の推測

　　　　　シャコのP18 の全アミノ酸配列

　　　　　配列モチーフ：進化の過程で高度に保存されているアミノ酸配列パターン、蛋白質の機能に直接関わるアミノ酸であること

　　　　　が多い。

　　　　　DNASISをアミノ酸配列モードで起動→シャコP18のアミノ酸配列を入力する。→シャコP18の分子量と等電点を計算。

　　　　　(モチーフデータベースPROSITEを使って検索する。)

ⅰサイト名：ゲノムネット

操作

　 ○左端のゲノムネットをクリック→ゲノムネット計算ツール配列解析 の MOTIFをクリック

　　　→Enter your query sequence にアミノ酸配列を記入する。→Search

　　→表示された目的のアミノ酸のPROSITE をクリック

　 ○表示された一覧の意味

　　　　　　　　　　　　DE：description モチーフの名称

　　　　　　　　　　　　 PA：pattern コンセンサス配列　←後に使う

　　　　　　　　　　　　　　*[LIVM]…LIVMの内どれか一つのアミノ酸

　　　　　　　　　　　　　　X…どんなアミノ酸でもよい

　　　　　　　　　　　　　　数字…アミノ酸の反復数

　　○使用した配列：　　

　　　　SLFDATCMGSYDRQMYKQLDRVCDDCYNLYRKPYVQVECRRGCFANDVFEQCL

　　　　YDLLLQDAAEEYKMLIHSV

BLAST

　　　　検索配列 query sequence からデータベース検索用の文字列LISTneighborhood word list の作成・文字列リスト　　

　　　　　にある文字列をデータベース内で検索・見つかった文字列を使って相同性の高い領域の範囲を決定。

　ⅱ.サイト名：ゲノムネット　

操作

　　○解析配列のBLASTをクリック→Sequence data に先と同じ配列を入力→BLASTP

　　(prot query vs prot db)およびnr-aa (GenBank, UniProt, RefSeq, PRF and PDBSTR)に

　　チェック→Compute →bitsの数字をクリック講義では(一番上)

　　　表示の意味

　　　　bist :類似性のスコア

　　　　E-val:現在のデータベースにおいて、まったく偶然に同じスコアになる配列の数の期待値

　　　　　即ち、E-valが小さいほど偶然には起こりにくいことを示す。よって、チェックされた配列に間でbits値が大　　　

　　　　　きく、E-valが小さい場合には互いの配列の相同性が高いということ。

　　　→指定した配列に移動

　　○表記の意味

　　　Identities = 42/70 (60%)：一致したアミノ酸が42残基/70残基(60%)　　　Positives = 53/70 (75%)：一致したアミノ酸と性質の類似したアミノ酸の合計が　　　　　　　　　　　　53残基/70残基(75%)　　　Query：シャコP18　　　Sbjct  ：ヒットした配列　　　Query: 63  EEYKMLIHSV 72           EEY   I  V　　　　←一致したアミノ酸。性質の類似したアミノ酸は+と表記される　　次に、TOPをクリックし、最上部に戻って、prf:3412282A  をクリック。以下は表示の説明。 

Database: PRF
Entry: 3412282A
LinkDB: 3412282A 

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑エントリー名NAME        prepro-crustacean hyperglycemic hormone　　　　←たんぱく質の名称 determine  mRNA　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　←mRNAの塩基配列から翻訳SOURCE      Pagurus bernhardus　　　　　　　　　　　　　←学名 org_part   X organ　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ←組織(器官) taxon      the root;Eukaryota;Metazoa;Arthropoda;Crustacea;Malacostraca;            Eucarida;Decapoda;Paguridae　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑生物種JOURNAL     FEBS J., 275(5),1039-1052(2008)AUTHOR      Montagne,N., Soyez,D., Gallois,D., Ollivaux,C., Toullec,J.-Y.TITLE       New insights into evolution of crustacean hyperglycaemic hormone in            decapods - first characterization in Anomura　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑この配列が掲載されている論文情報SEQUENCE            MAAHRTLSSL LVVAVMLAAV IQDGGVVQSR SVDGLGRLEK LLASLSGSAG SSDTSALAGP             LTPVRSAGSM AFLPEHSMDK RQAFDRSCKG VYDRGLFKKL ERVCDDCYNL YRKPYVEVGC             KANCYANSIF RQCIGDLLLE DVVEEYAQAI QMVGK　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑アミノ酸配列ⅱ先ほどのコンセンサス配列(PA)が保存されているかを確認する。操作　　○画面を一つ戻り、TOP20に切り替え、その右の選択バーでCLUSTALWを選択し　　　　Execをクリック(プリントにこの先の表記がないのでどのように確認するのかよくわからない。)

Ⅰ：GenBankクイックスタート

サイト名：GenBank

ⅰ.検索：Entrez→ nucleotidを選択 、search→ pannexin で検索

操作

　○条件設定をする：Limitsをクリック→

　　　　　　　　　　Source database をGenBunk に設定 & Molecule をgenomic DNA/RNA に設定

　○アクセッション番号の検索：Display Settings をクリック→ Accession List を選択し Apply

　○表示の意味　　　　　　　　　　　　　　　　　　

　　　登録日　　： linear PRI 29-SEP-2001

　　　更新回数： 一回の場合 GenBank: AY048509.1

　　エントリのどの領域にエクソンが含まれるかなどのアノテーション情報はFEATURESに書かれています。

　　　geneフィールドから、このエントリの606bp～1430bpにPANX1という遺伝子が含まれていることがわかりま

　　す。また、"..>1430"と書かれているのでこの遺伝子はさらに下流まで続いており、一部分がエントリに含ま

　　れていることがわかります。同時にstart側には<がついていないので、このエントリの606bpが遺伝子の5'端

　　ということもわかります。

　　　exonフィールドから、このエントリの606bp～1170bpに1番目のエクソンが含まれていることがわかります。

　　　CDSフィールドからは、990bp～1170bpにCDSの頭の部分が含まれており、さらに下流に続いていることがわか

　　ります。exonフィールドの情報と組み合わせて考えると、ファーストエクソンは606bp～1170bpであり990bp

　　からがスタートコドンで翻訳領域となり、606bp～989bpは5'UTRになることがわかります。また、翻訳された

　　アミノ酸配列は AAL06604として登録されていることも分かります。

ⅱ.FASTA形式での保存

操作

　○生物種の指定：Searchに"pannexin"の後ろに" AND human[organism]"と入力して検索

　○目的のResults にチェックを入れ、Display Settings をクリック→ FASTA をチェックし　　

　　Apply

(AND検索Showの二つとなりのプルダウンメニューから"File"を選択し、適切な名前をつけることで検索結果をFASTA形式で保存。)

　　→Send をクリック→ File を選択しCreate File をクリック

Ⅱ：5月20日配列情報解析ソフトウェアDNASIS の使用法

　DNASIS：配列解析(配列の相同性検索・構造や機能の予測・進化的関連性の解析)を効率よく行うための専用ソフトウェア

例：ペプチドのアミノ酸配列の検索→アミノ酸配列モード

ⅰデータベース：PubMed アミノ酸配列の入手

操作

.　○検索：Entrez→ protein を選択、search→ hemoglobin beta orangutae で検索

　 ○目的のアミノ酸を選択し、最下部のORIGIN

 1 mvhltpeeks avtalwgkvn vdevggealg rllvvypwtq rffesfgdls tpdavmgnpk をコピーしDNASIS　　　にペーストⅱインターネットを使った文献の検索省略

　　　　　シャコのP18 の全アミノ酸配列

　　　　　配列モチーフ：進化の過程で高度に保存されているアミノ酸配列パターン、蛋白質の機

　　　　　能に直接関わるアミノ酸であることが多い。

　　　　　DNASISをアミノ酸配列モードで起動→シャコP18のアミノ酸配列を入力する。→シャコ　　

　　　　　P18の分子量と等電点を計算。

　　　　　(モチーフデータベースPROSITEを使って検索する。)

ⅰサイト名：ゲノムネット

操作

　 ○左端のゲノムネットをクリック→ゲノムネット計算ツール配列解析 の MOTIFをクリック

　　　→Enter your query sequence にアミノ酸配列を記入する。→Search

　　→表示された目的のアミノ酸のPROSITE をクリック

　 ○表示された一覧の意味

　　　　　　　　　　　　DE:description モチーフの名称

　　　　　　　　　　　　 PA:pattern コンセンサス配列　←後に使う

　　　　　　　　　　　　　　*[LIVM]…LIVMの内どれか一つのアミノ酸

　　　　　　　　　　　　　　X…どんなアミノ酸でもよい

　　　　　　　　　　　　　　数字…アミノ酸の反復数

　　○使用した配列:　　

　　　　SLFDATCMGSYDRQMYKQLDRVCDDCYNLYRKPYVQVECRRGCFANDVFEQCL

　　　　YDLLLQDAAEEYKMLIHSV

BLAST

　　　　検索配列 query sequence からデータベース検索用の文字列LISTneighborhood word 　　

　　　　list の作成･文字列リストにある文字列をデータベース内で検索･見つかった文字　

　　　　列を使って相同性の高い領域の範囲を決定。

　ⅱ.サイト名:ゲノムネット　

操作

　　○解析配列のBLASTをクリック→Sequence data に先と同じ配列を入力→BLASTP

　　(prot query vs prot db)およびnr-aa (GenBank, UniProt, RefSeq, PRF and PDBSTR)に

　　チェック→Compute →bitsの数字をクリック講義では(一番上)

　　　表示の意味

　　　　bist :類似性のスコア

　　　　E-val:現在のデータベースにおいて、まったく偶然に同じスコアになる配列の数

　　　　の期待値

　　　　　即ち、E-valが小さいほど偶然には起こりにくいことを示す。よって、チェッ

　　　　　クされた配列に間でbits値が大　　　

　　　　　きく、E-valが小さい場合には互いの配列の相同性が高いということ。

　　　→指定した配列に移動

　　○表記の意味

　　　Identities = 42/70 (60%):一致したアミノ酸が42残基/70残基(60%)　　　Positives = 53/70 (75%):一致したアミノ酸と性質の類似したアミノ酸の合計が　　　　　　　　　　　　53残基/70残基(75%)　　　Query:シャコP18　　　Sbjct  :ヒットした配列　　　Query: 63  EEYKMLIHSV 72           EEY   I  V　　　　←一致したアミノ酸。性質の類似したアミノ酸は+と表記される　　次に、TOPをクリックし、最上部に戻って、prf:3412282A  をクリック。以下は表示の説明。 

Database: PRF
Entry: 3412282A
LinkDB: 3412282A

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑エントリー名NAME        prepro-crustacean hyperglycemic hormone　　　　←たんぱく質の名称 determine  mRNA　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　←mRNAの塩基配列から翻訳SOURCE      Pagurus bernhardus　　　　　　　　　　　　　←学名 org_part   X organ　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ←組織(器官) taxon      the root;Eukaryota;Metazoa;Arthropoda;Crustacea;Malacostraca;            Eucarida;Decapoda;Paguridae　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑生物種JOURNAL     FEBS J., 275(5),1039-1052(2008)AUTHOR      Montagne,N., Soyez,D., Gallois,D., Ollivaux,C., Toullec,J.-Y.TITLE       New insights into evolution of crustacean hyperglycaemic hormone in            decapods - first characterization in Anomura　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑この配列が掲載されている論文情報SEQUENCE            MAAHRTLSSL LVVAVMLAAV IQDGGVVQSR SVDGLGRLEK LLASLSGSAG SSDTSALAGP             LTPVRSAGSM AFLPEHSMDK RQAFDRSCKG VYDRGLFKKL ERVCDDCYNL YRKPYVEVGC             KANCYANSIF RQCIGDLLLE DVVEEYAQAI QMVGK　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　↑アミノ酸配列ⅱ先ほどのコンセンサス配列(PA)が保存されているかを確認する。操作　　○画面を一つ戻り、TOP20に切り替え、その右の選択バーでCLUSTALWを選択し　　　　Execをクリック(プリントにこの先の表記がないのでどのように確認するのかよくわからない。)

　　　　　　　　　　　　　　　　生物情報学　テスト対策

1:GenBankクイックスタート

サイト名：GenBank

ⅰ.検索：Entrez→ nucleotidを選択 、search→ pannexin で検索

操作

　○条件設定をする：Limitsをクリック→

　　　　　　　　　　Source database をGenBunk に設定 & Molecule をgenomic DNA/RNA に設定

　○アクセッション番号の検索：Display Settings をクリック→ Accession List を選択し Apply

　○表示の意味　　　　　　　　　　　　　　　　　　

　　　登録日　　： linear PRI 29-SEP-2001

　　　更新回数： 一回の場合 GenBank: AY048509.1

　　エントリのどの領域にエクソンが含まれるかなどのアノテーション情報はFEATURESに書かれています。

　　　geneフィールドから、このエントリの606bp~1430bpにPANX1という遺伝子が含まれていることがわかりま

　　す。また、"..>1430"と書かれているのでこの遺伝子はさらに下流まで続いており、一部分がエントリに含まれていることがわかります。同時にstart側には<がついていないので、このエントリの606bpが遺伝子の5'端ということもわかります。exonフィールドから、このエントリの606bp~1170bpに1番目のエクソンが含まれていることがわかります。

　　CDSフィールドからは、990bp~1170bpにCDSの頭の部分が含まれており、さらに下流に続いていることがわかります。exonフィールドの情報と組み合わせて考えると、ファーストエクソンは606bp~1170bpであり990bpからがスタートコドンで翻訳領域となり、606bp~989bpは5'UTRになることがわかります。また、翻訳されたアミノ酸配列は AAL06604として登録されていることも分かります。

ⅱ.FASTA形式での保存

操作

　○生物種の指定：Searchに"pannexin"の後ろに" AND human[organism]"と入力して検索

　○目的のResults にチェックを入れ、Display Settings をクリック→ FASTA をチェックし　　

　　Apply

(AND検索Showの二つとなりのプルダウンメニューから"File"を選択し、適切な名前をつけることで検索結果をFASTA形式で保存。)

　　→Send をクリック→ File を選択しCreate File をクリック

2:5月20日配列情報解析ソフトウェアDNASIS の使用法

　DNASIS：配列解析(配列の相同性検索･構造や機能の予測・進化的関連性の解析)を効率よく行うための専用ソフトウェア

例:ペプチドのアミノ酸配列の検索→アミノ酸配列モード

ⅰ.データベース：PubMed アミノ酸配列の入手

操作

.　○検索 :Entrez→ protein を選択、search→ hemoglobin beta orangutae で検索

　 ○目的のアミノ酸を選択し、最下部のORIGIN

 1 mvhltpeeks avtalwgkvn vdevggealg rllvvypwtq rffesfgdls tpdavmgnpk をコピーしDNASIS　　　にペーストⅱインターネットを使った文献の検索省略