神社と言っても北海道神社庁管轄の神社とそうでない神社がありますので、分けて考えてみたいと思います。北海道神社庁管轄の神社は北海道神社庁ＨＰhttp://www.hokkaidojinjacho.jp/top.html のデータベースに記載のある神社で、特に札幌支部は「ゆっくり・じっくり・ぐるっと神社探訪　石狩管内神社ガイドマップ」を発行し、管轄管内各神社で無料頒布しています。

まず北海道神社庁札幌支部管轄神社において朱印が確実にある神社一覧です。

中央区

北海道神宮

弥彦神社

札幌護国神社

札幌祖霊神社

札幌水天宮

伏見稲荷神社

札幌三吉神社

北海道神宮頓宮

北区

江南神社

篠路神社

新川皇大神社

新琴似神社

東区

札幌諏訪神社

札幌村神社

烈々布神社

苗穂神社

白石区

白石神社

厚別区

信濃神社

大谷地神社

豊平区

相馬神社

月寒神社

豊平神社

西岡八幡宮

清田区

厚別神社

三里塚神社

南区

石山神社

西区

上手稲神社

琴似神社

西野神社

発寒神社

手稲区

手稲神社

星置神社

まず北海道神社庁札幌支部管轄神社ではない神社で朱印が確実にある神社一覧です。

開拓神社（中央区）・澄丘神社（厚別区）・平岸天満宮（豊平区）・清田稲荷神社（清田区）・札幌御嶽神社（中央区）・豊平川神社（豊平区）・多賀神社（中央区）・大天満神社（東区）

確実に朱印が無い神社（管轄・非管轄関係なく）

丘珠神社（東区）・福住厳島神社（豊平区）・難得神社（豊平区）

朱印の存在が不明な大きめな神社（管轄・非管轄関係なく、祠タイプは除く）

有明神社（清田区）・上白石神社（白石区）・上砥山神社（南区）・上野幌神社（厚別区）・川下八幡宮（白石区）・菊水神社（白石区）・小野幌神社（厚別区）・界川神社（中央区）・札幌藤野神社（南区）・札幌南沢神社（南区）・十軒神明宮（北区）・下野幌八幡神社（厚別区）・定山渓神社（南区）・白川神社（南区）・滝野神社（南区）・豊滝神社（南区）・豊畑神社（東区）・苗穂山農本神社（東区）・中の島神社（豊平区）・花岡神社（南区）・茨戸天満宮（北区）・円山西町神社（中央区）・瑞穂神社（東区）・藻岩神社（南区）・山本稲荷神社（厚別区）

もしも、朱印不明神社に関する事でお分かりになっている方は、教えていただければ幸いです。情報交換できれば幸いです。